สำนักงานบริหารจัดการทรัพย์สินทางปัญญา เริ่มดำเนินงานในปี 2557 ขับเคลื่อนโดยสถาบันวิจัยและพัฒนาชายแดนภาคใต้  เนื่องจากมหาวิทยาลัยราชภัฏยะลาเล็งเห็นถึงความสำคัญของงานทรัพย์สินทางปัญญา เพื่อให้การบริหารจัดการทรัพย์สินทางปัญญาของมหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา รวมถึงการดำเนินการปกป้องพิทักษ์สิทธิอันชอบธรรมในผลงาน มีแนวทางที่ชัดเจนและเป็นธรรม เป็นไปด้วยความเรียบร้อยและมีประสิทธิภาพ ประกอบกับเป็นการส่งเสริม สนับสนุนบุคลากรของมหาวิทยาลัยในการสร้างสรรค์งาน ที่จะก่อให้เกิดทรัพย์สินทางปัญญา และส่งเสริมให้เกิดการใช้ประโยชน์จากทรัพย์สินทางปัญญาในเชิงพาณิชย์ ตลอดจนการจัดสรรผลประโยชน์ที่เกิดจากการจัดการทรัพย์สินทางปัญญาอย่างเป็นธรรม

         จึงได้มีการประกาศใช้ ระเบียบสภามหาวิทยาลัยราชภัฏยะลาว่าด้วยการบริหารจัดการทรัพย์สินทางปัญญา พ.ศ. 2563 เมื่อวันที่ 2 ตุลาคม 2563  และให้จัดตั้งสำนักงานบริหารจัดการทรัพย์สินทางปัญญา เป็นส่วนราชการระดับงานในสำนักงานผู้อำนวยการสถาบันวิจัยและพัฒนาชายแดนภาคใต้ ตามประกาศมหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา เรื่อง การจัดโครงสร้างการบริหารงานภายในมหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2564 อาศัยอำนาจตามความในข้อ ๕ ของระเบียบสภามหาวิทยาลัยราชมัฏยะลา ว่าด้วยการจัดโครงสร้างการบริหารงานในมหาวิทยาลัย พ.ศ.๒๕๕๘ และข้อ ๘ ของระเบียบสภามหาวิทยาลัยราชภัฏยะลาว่าด้วยการบริหารจัดการทรัพย์สินทางปัญญา พ.ศ.๒๕๖๓ โดยคณะกรรมการบริหารจัดการงานทรัพย์สินทางปัญญา ในคราวประชุมครั้งที่ 2/2564 เมื่อวันที่ 7 กันยายน พ.ศ. 2564 มีมติเห็นชอบประกาศจัดตั้งสำนักงานบริหารจัดการทรัพย์สินทางปัญญา เป็นส่วนราชการระดับงาน ในสังกัดสำนักงานผู้อำนวยการ สถาบันวิจัยและพัฒนาชายแดนภาคใต้ และคณะกรรมการผู้บริหารมหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา (ทบม.) ในคราวประชุมครั้งที่ 10/2564 เมื่อวันที่ 12 ตุลาคม 2564 ระเบียบวาระที่ 5.2 เรื่อง พิจารณาร่างประกาศ เรื่อง การจัดตั้งสำนักงานบริหารจัดการทรัพย์สินทางปัญญา พ.ศ. 2564 ได้มีมติเห็นชอบในร่างประกาศจัดตั้งสำนักงานบริหารจัดการทรัพย์สินทางปัญญา พ.ศ. 2564 เพื่อ 1) ให้บริการด้านทรัพย์สินทางปัญญา เช่น ให้คำปรึกษางานทรัพย์สินทางปัญญา ให้บริการคุ้มครองและรักษาผลประโยชน์ทรัพย์สินทางปัญญา ให้บริการขึ้นทะเบียนสิ่งบ่งชี้ทางภูมิศาสตร์ และงานบริการด้านการอนุญาตให้ใช้สิทธิของมหาวิทยาลัย 2) สนับสนุนการบริหารจัดการงานทรัพย์สินทางปัญญาของมหาวิทยาลัย 3) เสริมสร้างเครือข่ายความร่วมมือกับหน่วยงานที่สนับสนุนงานด้านทรัพย์สินทางปัญญาทั้งในประเทศและต่างประเทศ และ 4) เสริมสร้างให้ทุกภาคส่วนมีความรู้ ความเข้าใจ เกิดจิตสำนึกและเห็นความสำคัญของทรัพย์สินทางปัญญา